Община Сандански е разположена в Югозападна България.
Това и разположение в съчетание със специфичния релеф в района формират твърде своеобразен и уникален климат. В него се откриват черти на континенталния климат и близката средиземноморска климатична област.
Влиянието се отразява особено силно върху годишното разпределение на валежите и режима на температурите.
Орографията също влияее върху формирането на климата в района.
С увеличаване на надморската височина, климата става планински с ясно изразено вертикално зониране.
В община Сандански се обособяват четри климатични района – Санданско–Петрички климатичен район, Малешевско-Пирински припланински климатичен район, Планински климатичен район – среднопланинска част, Планински климатичен район – високопланинска част.

Средната годишна температура в Сандански (200 м.н.в) е 13,9^оС, в Попина лъка (1203 м.н.в.) е 7,3^оС
Средната относителна влажност на въздуха е най-ниската в страната – 66%. Средният брой на дните с валежи над 1 mm е само 69-70.
Продължителността на слънчевото греене в Сандански е най-голямата в страната – 2 506 часа.
Във връзка със значителното слънцегреене и през зимните месеци снежната покривка в равнинната и предпланинска част на общината е рядкост – 4 – 5 дни годишно. Във високопланинската част обаче снежната покривка се задържа от ноември до април – май – над 150 дни годишно. Средната височина на снега през януари достига 100 см, а поради натрупването през март достига 130 – 140 см.
Натрупването на снежна покривка има голямо значение за формирането на речния отток на реките в общината.

Дните с мъгла през годината са средно 5.
Средната скорост на вятъра е 2 m/s.
Средната годишна сума на валежите е 536 мм – за Сандански, 562 мм. – за Мелник, 783 мм – за с. Пирин, 835 мм. – за Попина лъка.
В разпределението на валежите по сезони също се забелязва средиземноморското влияние – значителна сума за есенно-зимно-пролетните валежи с рязко намаление на летните, което създава условия за по-продължителни засушавания през лятото и първата половина на есента.
Климатична карта на община Сандански

Климатът в община Сандански се характеризра с голямо разнообразие.
Характерно за зимните месеци е, че средномесечните температури в равнинната и предпланинска част са с положителен знак и по величина са почти еднакви с температурите по южното Черноморие. Затова и валежите през зимните месеци са предимно от дъжд. Пролетта настъпва най-рано в този район на страната. През пролетта валежите са над 127 l/m2.
Целият район през лятото има най-продължително слънчево греене у нас. Средната юлска температура е около 25^оС, а дните с температура над 20^оС през месец юли са около 16. Валежите и относителната влажност на въздуха в района на Сандански са най-ниските за страната.
Есента е сравнително мека. Отличава се със слънчеви дни, които продължават до края на ноември, а много често и през цялата зима.

Град Сандански има слава на най-добрата естествена лечебница на бронхиална астма в Европа с благодатния си климат, които се отразяват благоприятно и при болни с хронични алергични заболявания на дихателната система. Климатолечението в комбинация с балнеолечението с минерална вода има един невероятен потенциал за туристическо развитие.
Град Мелник също е много подходящ за лечение на алергични заболявания, тъй като той е населеното място у нас с най-малко съдържание на алергени във въздуха. В миналото е съществувал проект за изграждане на санаториум в него.
Планинският климат в средно и високопланинските части на Пирин и Славянка е също подходящ за рекреационно и лечебно използване.